2003年，高邮市率先成为江苏省首批新型农村合作医疗制度试点市。从2003年至2007年，高邮市新农合补助起付线由原来的800元降至400元，封顶线（即1年当中最高报销金额合计）由原来的2万元调整为目前的4万元，家庭账户由原来的每人10元调整为 每人15元。新农合的报销范围也有了更大程度的扩大。

　　截至2007年12月份，该市已累计发放合作医疗补助金1427万元，使1.08万户农民家庭受益。